Read this blog in:

• 
• 
• 

Paris, Pasteur, Pili

Om mig:

Jeg hedder Theis Jacobsen og kommer fra Danmark. Siden september 2013 har jeg boet i København sammen med min kæreste, hvor jeg har læst til min bachelor og kandidatuddannelse i biokemi med specialisering i proteinkemi som jeg færdigjorde i december 2018. Herefter startede jeg i januar 2019 på min PhD uddannelse ved Institut Pasteur i Paris. Jeg er født og opvokset på Langeland som er en ø der ligger sid det sydfynske øhav. Langeland er cirka 2,7 gange større end det indre af Paris, men der bor kun 12000 mennesker sammenlignet med Parises 2,1 millioner mennesker. Der er altså langt fra min opvækst på Langeland til at arbejde i centrum af Paris.

 

Min vej ind i ViBrANT og Paris

Under afslutningen af min kandidatafhandling dukkede der en mail op i min inbox som var videresent fra Michael Nilges from Institut Pasteur. Her efterspurgte de en kandidat til en ledig PhD stilling som skulle besættes indenfor en kort tidsperiode. Jeg ansøger, kommer til samtale og er privilegeret nok til at få tilbudt stillingen. Det er først efter jeg var startet i Paris at jeg fandt ud af hvordan ViBrANT er skruet sammen og at der er tidligere har været en længere rekrutterings og et start-up proces. Blandt andet var jeg gået glip af et start-up møde hvor alle ESR’er og vejledere har mødtes og startede processen som jeg nu lidt forsinket skal i gang med at indhente. Selvom jeg engang imellem har følt mig lidt bagud i forhold til praktiske/organisatoriske opgaver og deadlines, syntes jeg at jeg nu er ved at være kommet up-to-date. Min start på Institut Pasteur har været en rigtig god oplevelse hvor alle har taget godt imod mig. Alle har været gode til at hjælpe mig med at komme igennem det franske bureaukrati, få mig fundet tilrette i et nyt laboratorie og integrere mig i en by hvor sproget og kulturen er helt ny for mig.

 

Det videnskabelige projekt og miljø:

Min værts institution er Institut Pasteur som blev grundlagt af Louis Pasteur efter at have udviklet rabiesvaccinen, dette var et stort gennembrud for den moderne medicin. Pasteur var noget af et videnskabeligt geni og stod for stor udvikling af viden indenfor blandt andet mikrobiel fermentering og selvfølgelig pasteurisering. Institut ligger i centrum af Paris og huser op mod 2500 ansatte, studerende og forskere på udvekslings ophold. Institut Pasteurs videnskabelige relevans er understreget ved at have huset 10 nobelprismodtagere gennem tiden siden grundlæggelsen i 1887.

 

Målet for mit PhD projekt er at bestemme strukturen på bakterielle type IV pili fra Enterohemorrhagic Escherichia coli ved at kombinerer forskellige struktur biologiske metoder. Kort fortalt er pili protein fangarme som bakterien udtrykker på overfladen af cellen som blandt andet er involveret i motilitet, patogenicitet og adhæsion til værts celler. Pili er opbygget af forskellige proteiner som bliver samelet i membranen på bakterien, disse proteiner bliver kaldt pilins. Pilins kan yderligere blive inddelt i to undergrupper ”major pilins” og ”minor pilins”. Major pilins konstituerer hoveddelen af de proteiner som pili er opbygget af, hvorimod minor pilins er langt mindre forekommende men er mistænkt for at være involveret i initieringen af pili formationen. Mit arbejde kommer til at bygge videre på forgående arbejde udført i laboratoriet hvor strukturen af proteinet ppdD, som er major pilin i type IV pili fra Enterohemorrhagic Escherichia coli. Denne proteinstruktur kunne herefter blive modelleret ind i en cryo elektron mikroskopi ”density maps” og fastlægge den kvarternære opbygningen af disse pili. Mit fokus kommer til at ligge på ”minor pilins” for at bestemme hvor disse er inkorporeret i pili og for at fastlægge den fulde opbygning af disse bakterielle pili fra Enterohemorrhagic Escherichia coli.

 

Jeg vil takke min kollega Maylis Lejeune for at hjælpe mig med oversættelsen af denne blog til fransk.